故事開始在西元 2029 年，地中海沿岸的地基忽然下沉，導致了氧氣忽然間消失，原本存在的各種元素也陸續的消失。
由於自然界的各種元素不復存在，因此無論是建築物、森林、動物都逐一的消失，此時的人類也才深深的感受到這些「元素」的重要性。
在那之後又經過了數十年，人口也銳減為當初的十分之一，根據調查的結果，發現消失的元素都流向了次元另一側的另一個地球「ネガアース」。
而由於能夠到達該處的只有 13 歲以下的人，因此集合了這些背負著地球存亡的孩子們，組成了名為「元素獵人」的組織。
