豬豬俠和阿五帶著海豚夥伴聰聰繼續執行南海生態調查任務。
任務資料往往讓人摸不著頭腦，但他們憑著旺盛的好奇心、無邊的想象力，總是充滿動力去解開一個又一個謎題。
然而壞壞博士為了贏過豬豬俠，總是有意無意地在旁邊搗亂，但豬豬俠他們總是能憑著勇氣和智慧，與壞壞博士鬥智鬥勇，最終既保護了海洋環境和目標生物，同時將生態資料完整地記錄下來。
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