《新幹線變形機器人 來自未來的神速ALFA-X》

為了搶奪地球，新的敵人ナハネ、オハネフ，以及謎之巨大怪物體從宇宙出現。

超進化研究所秘密開發的“新幹線戰士ALFA-X”是掌握著一切的關鍵……！？

過著安穩日子的隼人等人的“新幹線戰隊”的戰鬥再次拉開帷幕——！！

由於突然出現的敵人的攻擊導致父親北斗失蹤了，隼人變得坐臥不安。

這種情況下，出現在他面前的竟然是穿越時空而來的“9歲的北斗”。

被光之粒子包圍、穿越時空的“少年北斗”，為了守護地球和返回自己原本的世界，決心成為集結了最新技術所完成的“新幹線戰士ALFA-X”的駕駛員。

連同二人的思念，集合了北海道支部、山形支部、大宮支部、名古屋支部、京都支部、門司支部的“新幹線戰隊”對抗宇宙最強的敵人！

新幹線戰隊能否維護日本的和平和安全？

隼人和父親北斗能否再會？