《魔法禁書目錄 Ⅲ》

科學世界存在著超能力，宗教的世界存在著魔法。

一邊是擁有超先進科技、充滿著機械的學園都市，另一邊則是布滿著聖經和鍊金術的魔法世界，由看似無法相容的現實和非現實混合而成的世界。

學園都市位於東京都西部的封閉都市中，學生占到了總人口的八成，「超能力開發」被列為絕大多數學生的必修課，在Level 0到Level 5的等級排名上相互競爭。

上条 當麻是學園都市的一名高中生，不幸地，當麻被評定為無能力者；但他的右手有著能將一切異能消除的不明力量，他本人稱其為「幻想殺手」，似乎是連同神的祝福一同抹殺的關係，他每天都過著不幸的生活。

暑假的某一天，在宿舍的陽台上，當麻遇見了一位掛在陽台欄杆上的修女，她自稱禁書目錄，腦海中裝有十萬三千冊「魔導書」，正在從不為人所知的「魔法」世界逃亡。

就這樣，上条一腳踏進了魔法與科學的紛爭。

羅馬正教「神之右席」中的「前方之風」侵入學園都市的事件結束後，世界各地突然發生羅馬正教徒的反科學示威遊行，事件的元凶是名為「C文書」的靈裝，當麻跟土御門元春一起前往「C文書」所在的法國都市亞維農。

在亞維農當地，當麻與天草式十字淒教的成員 五和重逢，與她一起搜索「C文書」，但「神之右席」的「左方之地」突然出現在他們面前。