《深夜的超自然公務員》

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第1話 新宿上空的天狗與天使

宮古新從春季開始被分配到新宿區政府“夜間地域交流科”。這個科的前輩，有埋頭於可疑飾演的姬冢西奧，有原來做公關業務的領導榊京一。然後，在今晚的現場——新宿，新看到了妖精、天使和天狗，這些不為人知的“另類生物”。夜間地域交流科的工作，是解決與另類生物有關的超自然現象。看到互相仇視的天使和天狗，榊和西奧打算制止地盤爭端的激化，然而新卻沒有看出來是這樣的爭鬥……

第2話 神樂坂的白色貓又

新擁有著能理解人類聽不懂的另類生物的語言的“砂之耳”，有著與安培晴明有聯絡的可能性。夜間地域交流科的科長·仙田禮二指示調查新的家庭背景。新與榊與聖央，走進位於神樂坂的新的老家的倉庫，在那裡有的是擁有兩條尾巴的白色的貓小雪。而後，新他們去了千代田區的狩野一文庫。所謂狩野一就是融合了英國系魔術與日本陰陽術融合的魔術道具工匠，古老的陰陽師一族。

第3話 琥珀之瞳的搗蛋鬼

最近持續發生的超自然現象，都是由某個另類生物所引起的。另類生物的目的是為了舉行殭屍儀式而在收集材料。另類生物將新稱為安倍晴明，說道“取樂我吧♪”並將大量殭屍包圍了新。心生慌張的新向榊和聖央尋求幫忙。雖然稱呼自己為晴明的另類生物感到憤怒的同時，另類生物對他說道如果你不是晴明的話就殺了你。稱呼新為晴明的另類生物的真實身份是災難之神韋韋科約特爾，曾經被安倍晴明起名為“琥珀”

第4話 歌舞伎町的定點觀測

在新的家中穿著便裝纏著不走的湖泊，新對此感到非常困擾。就在這時，夜間地域交流科的傳統活動，春季特殊事件定點觀測舉行了。在新宿的街道上巡邏著的新他們遇到的是，一直在喝酒的另類生物·猩猩、超絕帥氣全裸的小豆洗、鬣狗模樣的布魯頓金等另類生物。這些另類生物都聽說了新的砂之耳的傳聞。而後，他們看見一位值崗的巡警被歌舞伎町的守護神·鬼王權現所擄走了……

第5話 都廳展望室的異世界電梯

新他們前往據說有著“異世界電梯”的新宿都廳展望室展開調查。因為在展望室中失憶事件頻繁發生，都廳也允許他們進行現場調查。新和榊乘坐北面的，聖央乘坐南面的電梯，而新和榊所抵達的是另類生物所創作的異空間。微笑地說著“請把你們的那個，給我吧”的另類生物·潘多拉站在他們面前。一旦潘多拉知道新能與另類生物對話後立馬就把榊送回了原來的世界。她所尋找的是，好像是某種喪失感……

第6話 惡魔與喪失感

都內女子失蹤未解決案件的被害人一人，從被另類生物囚禁那裡，被保護的女子高中生醒過來了。竟然，她是昭和40年代出出生的，從高中的時候被拐走以來，就這樣歲數就沒增長過。張念追蹤這個案件的榊，從她那裡聽到有關黑色的沙子的話題，得到了某種確信。以前自己的姐姐被拐走的時候也有黑色的沙子留了下來，終於新的眼前的也發生了案件。青梅竹馬的泉美被另類生物拐走了。

第7話 喪失感與絕望的證明

拐走女性們的另類生物是一種名叫阿薩謝爾的惡魔。阿薩謝爾無法接受曾經是伴侶的少女的死，收集著從女性那裡得來的部件，想要復活她們。案件主要發生的場所是女子學校。新、榊、聖央搜查著都內的學校，琥珀現身，誘惑他們去異空間的走廊。但是，走廊內的阿薩謝爾，使用著泉美和榊的姐姐的詩織的身體，已經到了少女復活的最後一道工序。

第8話 年老的郊狼與繁星庭院

保持著當時被拐走十七歲的年齡回來的榊的姐姐的詩織。成為特殊的迴歸社會當中的一員，榊孝敬姐姐能做到的事直率地高興著。另一方面，新對對阿薩謝爾的惡性熟視無睹的琥珀感到憤怒。但是，琥珀說是為了朋友，說著就移開了視線。新抱著小雪一起去街上了。於是，靠近文京區與臺東區的另類生物們對災禍之神韋韋科約特爾的琥珀的來訪而感到驚愕。在東京天空樹晴明與綠色的某隻八尺鳥的小黑相遇了。

第9話 幽靈住宅區的夢魔

與從新宿區政府機關的職員相田得來的夢相關的另類生物案件。被委託的新聽到這些話，相田的兒子連續夢見噩夢。最終不醒來了。在調查與夢相關的另類生物的新。在這時機，在東京都政府舉行的交流會上，東京都夜間文化環境局的狩野一悟與一起工作的新。但是，在這之前的新，與悟斷定與另類生物謀求互相理解做不到相對，感到很氣憤。

第10話 白繭和青焰

對新的砂之耳能力抱有懷疑的目光，並認為另類生物應被全部消滅的悟，冷淡地處理掉了與新心意相通的夢魔。於是，希望透過和另類生物的對話來解決問題的新，悟對他提出用他這雙耳朵去解決悟所進行著的案件。現場是體育場，被一個神秘的另類生物，在整個體育場纏上了無數的繭絲。然而，在其核心有一個另類生物幼體的身影，這是一個新都無法用語言交流的存在。

第11話 砂之耳和新人的骨氣

在悟的指示下，新以外的交流會成員開始驅除繭。但是，職員們都被繭給捕食了。製造了蠶繭的另類生物是蠶神。原本是為了給出雲獻上貢品而再紡絲，由於受到阻擾，變成了作祟神的危險存在。為了平息神的憤怒，需要進行非常複雜的儀式，但如果是新的砂之耳能力的話，即使沒有儀式也有可能平息怒氣。雖然是個危險的任務，但是現在能做到的這件事只有自己的話，新就會朝著這個方向前進。

第12話 新宿區夜間地域交流課

某夜，新保護了喪失記憶的另類生物。原來是他附靈的石像被破壞了，沒有附靈物件的另類生物只能暫時留在了新家裡。新一有時間就和另類生物走到大街上，尋找另類生物知道的線索和新的附靈物件。然而，長時間的超負荷工作，新終於倒下了。發現自己吸收了新的能量的另類生物打算離開新的家裡，但是新阻止了他。然後，新對他說這就是自己的工作。