《鐵腕巴迪 DECODE 第二季》

東京湾岸地域を壊滅状態にした「リュンカ事件」から一ヶ月。

宇宙連邦捜査官のバーディーと、高校生千川つとむは相変わらずの「二心同体」生活を送っている。

そんなある日、バーディーに新しい任務が下った。

地球に逃亡したと思われる脱走犯を見つけ出し、逮捕するというもの。

彼らは先のリュンカ事件の首謀者だった。

一人の脱走犯の潜伏先を突き止めたのだが、しかし見つけたのは既に冷たくなった脱走犯の姿だった・・・。

連邦側でも脱走犯側でもない、別の影が蠢いていることを感じるバーディー。

そんな中、バーディーはある懐かしい人物と会う。

それは幼い日々をともに過ごし、まるで兄弟のように仲の良かった人、ナタルだった。

思わぬ場所での再会を素直に喜ぶ二人。

この再会が新なる事件を呼び、そしてバーディーにとっては忌まわしい過去の記憶の扉を開くことになるとも知らず――。

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第1話最終

リュンカが巻き起こした東京湾怪光事件から数ヶ月。バーディーとつとむの二心同体生活は相変わらず続いていた。ある日、バーディーに任務が下る。リュンカ事件のきっかけを作った犯人たちが、地球に逃亡したという。それを見つけ出し、逮捕するというものだ。そんな捜査の途上、バーディーはある懐かしい人物と出会い…。
第2話命運起伏

幼い頃、まるで兄妹のようにいつも一緒だったナタルとの再会を喜ぶバーディー。そんな二人の姿を面白くないと思う少女がいた。翔子である。彼女はリュンカ事件で死亡したナタルの親友の妹で、自身もリュンカ事件で怪我を追い入院していたのだ。一方のバーディーは捜査を進め、ついに逃亡犯の一人を追い詰めるのだが…。
第3話似曾相識

リュンカ事件の際、廃墟と化してしまった六本木一帯。その避難所を取材に訪れたのは、早宮ひきいる報道研即席メンバー。その前に現れた、まりなとたくみ、という二人の子供。避難所を案内してあげるというのだが、それは、ガイド料目当てなのだった。一方、つとむは避難所内の診療所にナタルの姿を見つけて…。
第4話淚何以足

逃亡犯たちの逮捕は依然として難航していた。それどころか、バーディーが手がかりを掴んで辿り着くと、犯人は必ず何者かによって殺害されている。いたちごっこの状況に業を煮やしたバーディーは、強行手段に出る。地球人に変身できる擬装チップを密売している売人を尋問し、犯人へ繋がる手がかりを得ようとするが…。
第5話防患未然

バーディーが仲間を殺害していると勘違いした逃亡犯たちが、バーディーをおびき寄せて返り討ちにしようとイルマを誘拐した。イルマ奪還のため指定場所に向かったバーディーだったが、そんな彼女を軍出身のガトールが離れたビルからスコープで狙う。バーディーは攻撃を受けつつも、なんとかイルマ奪還に成功するが…。
第6話身陷往昔

ガトールの攻撃のダメージによりバーディーとつとむは精神融合を起こしかけていた。バーディーの精神消失を食い止めるべく、バーディーの意識深層へマインドダイブを決行するつとむ。そこには、アルタ人迫害の風潮にさらされながらも養育係のマリオネット・ヴァイオリンと平穏に暮らす幼き日のバーディーの姿があった…。
第7話再度重逢

クリステラ・レビが招いた「アクラバルの悲劇」。その犠牲者を追悼する式典がセントラルタワーで行われようとしていた。つつがなく式典が執り行われようとしていたその時、大きな爆発音がしてタワーが崩壊を始める。テロが再び引き起こされたのだ。混乱を極めるタワーには、ヴァイオリンとバーディーもいた…。
第8話真情感愛

リュンカ事件により、兄を失った翔子の元に、彼女の親戚が里親を申し出た。ナタルのそばを離れたくない翔子は彼に相談しようとするが、バーディーとナタルが親密にしている所を目撃し、ショックで病院を飛び出してしまう。翔子の行方を追って街を駆け回るバーディーとナタル。つかまりたくない翔子は、二人を振り回す…。
第9話時空與你

モスの攻撃を受ける中、隠されていた『力』が覚醒したナタル。その場は回避できたものの、病院で再びモスの襲撃に遭ったナタルは立ち上がれぬ程に消耗し、室戸のアパートに匿われることになる。残された時間がわずかだということを悟ったナタルは、室戸や翔子、そしてバーディーの前から去る決意をするのだった…。
第10話思緒未及

つとむの学校の文化祭が明日に迫ってきた。六本木廃墟など、これまでに取材してきたことを発表するため、準備に追われる早宮たち。その一方、ナタルが消息を絶って以来、すっかり塞ぎこんでしまっているバーディーを元気づけたいと気にしていたつとむは、発表用の廃墟の写真の中にあるものを発見してしまい…。
第11話對立彼岸

いよいよ文化祭が始まった。学校はたくさんの出し物で賑わっている。だが、バーディーとつとむはそんな楽しく幸福な会場を後にする。ナタルに会いに行き、そして真実を確かめるために…。そのころナタルは、残された時間で自らの目的を果たすために最後の行動に出ていた…。
第12話不久以後

真実を求め、最後の戦いに挑むバーディー、つとむ、そしてナタル。その先にあるものは…