《魔法科高中的劣等生 第三季》

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第1話 雙七篇Ⅰ

2096年4月到來，升入二年級的達也周圍發生了許多變化。達也和美月轉入了新設立的魔法工學科。幹比古從兩個科目轉到了一個科目。此外，達也和深雪開始與被派遣到四葉家當僕人的水波同住，三人的共同生活開始了。儘管達也希望今年能過上平靜的學生生活，但新生包括七草家的雙胞胎香澄和泉美，以及新生代表七寶琢磨，都是七草家的競爭對手，人人都各有特色，令人琢磨不透……。

第2話 雙七篇Ⅱ

第一高中進入社團招生周，招生過程風平浪靜，風紀委員會的香澄卻和社團聯盟執行部的琢磨產生摩擦。另一方面，反魔法師的輿論逐漸高漲，幕後似乎有著七草家的影子…

第3話 雙七篇Ⅲ

為了對抗在野黨神田議員的作秀行動，達也決定挑戰加重系魔法三大難題之一，在第一高中公開進行熱核融合魔法反應爐的實驗。真夜收到實驗成功的訊息，也回想起當時橫濱事變結束之後，和達也進行的那段對話。

第4話 雙七篇Ⅳ

恆星爐實驗成功，參與實驗的學生備受讚賞，琢磨卻以為七草家藉此打響名號，和香澄吵到差點以魔法對打。為了解決這場紛爭，學生會決定讓七寶琢磨和七草雙胞胎進行魔法比試。

第5話 越野障礙篇Ⅰ

九校戰將近，第一高中也磨拳擦掌以連霸為目標，營運委員會卻宣佈更換三項競賽專案，其中包括軍事色彩強烈的「越野障礙賽跑」。九島家前任當家「宗師」九島烈這麼指使的用意，是要進行「寄生人偶」的實戰測試。

第6話 越野障礙篇Ⅱ

達也收到九校戰相關的內部檔案，得知九島家要在越野障礙賽跑進行「P兵器」的實驗，因而前往奈良的前第九研進行調查。 另一方面，掌握情報的四葉家，也聯絡101旅的佐伯旅長要求協助。

第7話 越野障礙篇Ⅲ

九校戰正式開始，達也一邊輔助選手們拿下佳績，一邊還要忙於調查比賽背後的陰謀。就在達也終於得到線索準備外出時，深雪卻一臉愁容擋住他的去路。

第8話 越野障礙篇Ⅳ

越野障礙賽跑比賽當天，達也預先來到賽場要除掉所有寄生人偶。藉由八雲先前的指點，達也順利逐一封印人偶內部的寄生物，在最後對上最強的四具個體「Prime Four」。

第9話 古都內亂篇Ⅰ

第一高中新年度的學生會，由深雪擔任會長正式開始運作，校內也開始準備今年的論文競賽。某天，文彌與亞夜子來到達也家轉交真夜的信，內容是委託達也協助逮捕周公瑾。

第10話 古都內亂篇Ⅱ

九島烈為了促成周公瑾的捕獲，達也、深雪和水波前往奈良拜訪九島烈。九島烈愉快地接受了達也的提議，並介紹了他的孫子光宣。光宣比達也低一年級，雖然身體虛弱，但擁有強大的魔法力量。在餐桌上聽到達也他們正在尋找傳統派的術者時，光宣主動提出願意協助。次日，在光宣的帶領下，達也他們在奈良遊覽傳統派的據點時，在奈良公園遭到了傳統派的襲擊。

第11話 古都內亂篇Ⅲ

真由美得知自己的護衛名倉遇害，覺得事情並不單純，請達也協助查明真兇。達也和幹比古等人再度來到京都，分頭尋找傳統派的據點，不意外地遭受傳統派魔法師的攻擊。

第12話 古都內亂篇Ⅳ

達也等人繼續在京都搜尋，在清水寺附近獲得可靠的情報，可惜光宣身體突然惡化無法繼續參與。另一方面，真由美也來到京都和達也前往警局，想從名倉的遺物找出蛛絲馬跡。

第13話 古都內亂篇Ⅴ

黑羽姊弟提供情報，達也終於得知周公瑾躲在國防軍的基地。為求謹慎，達也向藤林確認情報屬實，並且找將輝合作，光宣也自行協助圍捕，務必將周公瑾繩之以法。