《聖劍傳說 瑪娜傳奇 -淚珠水晶-》

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第1話 青金石（前篇）

男孩夏羅有一個經常做的夢。在一個夢中，一位女神出現在他面前，告訴他他有一個任務。 然而，夏羅仍然不知道這個夢意味著什麼。當夏羅醒來時，他讓在鎮上亂跑的雙胞胎姐妹科羅娜和巴德幫他採摘水果和餵養寵物，然後就去了多米納鎮。在那裡，夏羅遇到了魯麗，她正在尋找一個人，臉上帶著絕望的表情。

第2話 青金石（後篇）

夏羅跟隨魯裡進入梅基布的山洞，但他先遇到了魯裡要找的人，珍珠公主。 出於某種原因，珍珠公主稱夏羅為 哥哥大人 ，並且很崇拜他。 夏羅和珍珠公主繼續穿過山洞尋找魯裡，但在他們知道之前，他們與珍珠公主分開了。 夏羅能夠與魯裡見面，他們兩個人開始一起尋找珍珠公主。 與此同時，珍珠公主遇到了一個巨大的怪物。

第3話 紅寶石

夏羅決定和博伊德警部一起從多米納小鎮前往斷崖城鎮加德。兩人抵達加德後，立即造訪接獲寶石小偷預告信的療愈寺院，而那裡也是在過去發生妖精戰爭時，拯救了許多士兵的「療愈之火」的所在之處。兩人分頭行動，博伊德警部負責寺院的警備，夏羅則去尋找胸前有著寶石的珠魅。

第4話 藍寶石

夏羅和博伊德警部遵照珠寶竊賊的警告信前往波爾波塔鎮的海濱酒店。他們兩人努力調查珠寶盜竊案並找到寶石。在鎮上採訪時，他遇到了正在調查帝國船沉沒之謎的騎士托馬。從鎮民口中得知有神秘力量寶石的存在後，夏羅和朋友們前往扎魯君所在的海濱酒店。

第5話 白珍珠

夏羅的好友瑟拉菲娜將身受重傷的夏羅送回巴德和可洛娜等待的家中，三人拚命照顧因高燒不斷呻吟的夏羅。多虧如此，夏羅終於睜開雙眼，不過瑟拉菲娜已經先離開了。夏羅收到博伊德警部的信，要他不要再插手寶石小偷的事件。但夏羅下定了決心，為了獲得更強大的武器動身前往雷利斯之塔。

第6話 祖母綠

進入位於魔法都市吉歐的魔法學園就讀僅僅兩個月，生性開朗有朝氣的瑟拉菲娜就已經融入了這座城市。她既交到了名叫愛梅洛德的朋友，在學習魔法的課堂上也有所發揮。這時，瑟拉菲娜與來到吉歐的夏羅重逢。夏羅把同行的瑠璃和珍珠公主介紹給她，瑟拉菲娜也把她的朋友愛梅洛德介紹給他們認識，瑟拉菲娜才知道愛梅洛德其實是珠魅。

第7話 鑽石

夏羅、瑟拉菲娜、瑠璃、珍珠公主和愛梅洛德5個人，為了尋找愛梅洛德姊姊的核來到瑪德拉海岸。第一次近距離看海的珍珠公主興奮不已，而瑠璃及愛梅洛德則感覺到了珠魅的氣息。就在這時，有個聲音叫住了夏羅，聲音的主人是企鵝瓦蕾莉。她正在瑪德拉海岸孵著自己與愛人戴維的蛋。夏羅從瓦蕾莉口中得知了有關核的情報。

第8話 黑珍珠

珍珠公主從旅館消失了！夏羅和瑠璃焦急不已。就在兩人懷疑是瑟拉菲娜帶走她的時候，他們發現遺留在房內的信。儘管懷疑是陷阱，夏羅和瑠璃還是前往了梅奇布洞窟，而在那裡等著他們的是受到拘束的珍珠公主和寶石小偷珊卓。珊卓以壓倒性地實力差距打倒夏羅和瑠璃，強行要珍珠公主流淚，但……

第9話 紫翠玉

回到位於沙漠中廢墟城鎮裡的基地，珊卓帶著至今收集的寶石前往光輝都市找寶石王。另一方面，夏羅和瑠璃追著當他們面離去的黑珍珠騎士往雷利斯之塔上層前進。「你無法逃避真相，特別是那些你該知道的事…」想起爵爾說過的話，兩人在塔的最上層和亡魂戰鬼對峙──。

第10話 螢石

在魔法都市吉歐的寶石店裡，亞雷克斯開啟狹小的箱子，握住因惡夢呻吟的螢石公主的手。另一方面，夏羅和瑟拉菲娜也追著瑠璃和珍珠來到魔法都市吉歐。4人會合後結伴前往克莉絲緹商會。在那裡，瑠璃讓珍珠公主見了名叫蒂雅娜的珠魅，但珍珠公主依然一無所知。隨後夏羅等人聽蒂雅娜講起有關珠魅的歷史。

第11話 淚石（前篇）

瑠璃、珍珠公主和螢石公主3人在魔法都市吉歐的寶石店相遇，珍珠公主因此變回了名為黑珍珠騎士的另一個樣貌。黑珍珠騎士逐一解開各種謎團，她向眾人道出為了拯救螢石公主，而背叛珠魅一族的亞雷克珊德爾──也就是珊卓的秘密。隨後夏羅和瑠璃帶著螢石公主的意念，動身前往光輝都市。

第12話 淚石（後篇）

夏羅跟琉璃來到光輝都市，珊卓在那裡現身。琉璃上前逼問為何她要奪取珠魅的核，珊卓於是開始說起剝奪珠魅性命的緣由。夏羅與琉璃為了阻止珊卓的計劃因而拔劍，然而珊卓呼喚了兇狠的寶石獸。使用了命運之劍，2人終於脫離險境，此時瑟拉菲娜卻出現在他們面前。並且，她手中還……