光頭強爸爸突然到訪狗熊嶺，向來嚴厲古板的強爸卻對光頭強噓寒問暖，而朝夕相處卻未能緩和關係，反而導致了父子矛盾的爆發……在一次激烈的爭吵中，光頭強和兩熊被“縮小機”意外縮小，毫不知情的強爸傷心離開，並無意間帶走了“縮小機”。
於是，光頭強和兩熊踏上了追趕強爸和機器的“微觀世界”冒險之旅。
與此同時，一名陌生國外女記者突然出現，並頻頻出沒於大馬哈魚生活的河域附近，舉止神秘，牽出了一系列神秘事件……
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