《超劇場版 Keroro軍曹3 Keroro 對 Keroro 天空大決戰》

某個優閒的日子裡，冬樹與KERORO小隊一起去參觀印加帝國遺蹟。

他們在那裡進入了一個迷宮，但Keroro粗心大意地誤觸了連串陷阱，大家只能趕快往前奔跑逃命。

而冬樹就在逃跑的同時，瞥見了一個佇立在迷宮之中，一動也不動的神秘少女。

冬樹就這樣帶著對少女的疑問回到了東京漸漸了遺忘這個事情。

然而，最強的敵人就在此時無預警的現身。

這個敵人的相貌竟然跟Keroro無甚大分別，並且準備好帶著優秀的部下，開始展開侵略世界各地。

藍星的命運將會如何？

Keroro小隊又能否挺身而出，再次成功保衛地球嗎？