《灰色的果實》

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第1話 普通的學園生活

青年‧風見雄二步行了175公里的長距離，揹著一個後背包，搬到了三島崎。這麼不通世俗的他的願望──就是“想要進普通的學園，過普通的學生生活”。這個願望在熟人‧橘千鶴的協助下實現了，雄二於是進了她擔任校長的私立美濱學園。來到被高聳的圍牆包圍、學生人數只有五人的這間“普通學校”的雄二，遇到的是一群難以應付的少女。

第2話 學園殺手由美子

蒔菜一開始害怕雄二，總是躲在天音背後，但漸漸地，她敞開心房，開始親近雄二。在班上同學都慢慢跟雄二變熟的時候，只有一個人，就是由美子，依然對他有戒心。由美子有時會用美工刀刺向雄二，雖然他憑著天生的身體能力輕易就躲開了，他開玩笑說要跟由美子拉近距離，反而激怒了她。為什麼由美子會這麼仇視自己？為了解開這個疑惑，雄二去找千鶴。

第3話 甜食生活

在跟同班同學說說笑笑地度過的某一天，天音在上體育課時扭傷了腳。因為美濱學園沒有保健醫師駐校，也因為雄二在之前的學校學過應急救護的關係，便由雄二來幫她治療。在雄二替天音治療時，她突然向他告白，說“做我的男朋友”。面對這突如其來的告白，雄二判斷天音是在捉弄他，然而天音看雄二這個態度，又對他說“如果男朋友不行的話，我就當你姐姐吧”

第4話 銀彈瞄準的地方

雄二在進行例行的晨跑時，看到滿走在通往一個將海景一覽無遺的高地路上。突然在意起滿的雄二尾隨著她，到那裡他看到的是，跟平常聒噪的樣子截然不同、一臉倦怠的滿，被滿問到“人死後會怎麼樣？”的問題。對這句話一直耿耿於懷的雄二，又再度在那個高地發現滿。在那裡遇到的滿讓雄二有種莫名的突兀感，雄二於是問她說，“你是誰？”

第5話 VOX IN BOX

失去了喵美爾、希望能逃離現實的滿，衝動地採取行動。但是，因為雄二很快就找到了滿，讓她得以倖免於難。第二天早上，昨天的事彷彿一場空似地，眼前的滿又是十分開朗。恢復一如往常傲嬌又傻里傻氣的滿……。然而，只有雄二一個人察覺到，在滿表面的言行下藏著不對勁。就在這時候，幸找雄二商量要怎麼處理一個盒子。據幸所說，滿前陣子將這盒子寄放在她這裡，之後就不准她歸還，也不准她談起這盒子。對內容物好奇的雄二會……

第6話 Raison d'etre(存在的理由)

美濱學園的理事長‧榊道昭行使權力將JB叫到自己身邊。為了矯正理應繼承榊家家業的女兒──由美子而創立的學園沒發揮預期效果，讓道昭十分焦急，決定借用JB“公司”的力量。JB應他的委託，派雄二去當由美子的保鑣。然而，這個“任務”並非要保護由美子的人身安全。道昭隱藏在任務底下的企圖、由美子內心不為人知的真正想法，以及她揹負了怎樣的十字架，當雄二得知這些時，採取了誰都料想不到的行動。

第7話 幸福的信件

任何願望都能幫人實現、身穿女僕裝的同班同學“幸”。不過，她為了達成目的會不擇手段──學園裡的大家知道幸還有這樣危險的一面，都小心不對她輕率發言。但是，暑假即將來臨的某一天，為期末考做準備的滿，忍不住對幸脫口而出“讓考試消失吧”。把這句話當真的幸，默默地開始一項任務。在考試一分一秒逼近的時候，幸的“測試對策”也一步步地要準備完畢了。

第8話 世界樹的種子Ⅰ

雄二突然宣佈說“我要當蒔菜的爸爸”。兩個當事人不管周遭人一臉困惑，很認真地像“父女”般互動，到了學期末的時候，雄二已經完全逐漸變成一個實行斯巴達教育的父親了。雄二想將格鬥技跟射擊等等自己所有的技術，灌輸給蒔菜。他在一對一的特訓中，回想起同樣將一切都教給自己的“師傅”的存在。之後暑假的某一天，天音他們因為回老家而不在宿舍，雄二聽到“爸爸不回老家嗎？”這句話後，決定要去替師傅掃墓。雄二順道開始對蒔菜說起，他的童年時代以及跟師傅之間的回憶。

第9話 世界樹的種子Ⅱ

雄二在JB的緊急召喚下，來到“總公司”，而等著他的是，要暗殺入巢蒔菜的命令。蒔菜身為暗地裡操縱這個國家的入巢家長女，知道家族見不得人的秘密。因為這樣的她存在而備感威脅的一群人──在這些人的冷靜跟絕對的意志之前，在組織最基層的雄二的想法什麼的，只遭到漠視。要雄二殺死他說好要以“父親”的身份全力守護的蒔菜──。JB明知雄二與蒔菜的關係，卻下達這麼殘酷的命令，對此，雄二雖然立正站好答應要接下任務，卻──。

第10話 Angelic HowlⅠ

從雄二轉學來的第一天開始，天音就徑自對理應是初次見面的他抱持好感。儘管他們才認識沒幾天，她卻經常盡心盡力要奉獻，雄二見狀，總是估計她之所以這樣，除了“一見鍾情”之外應該還有更確切的原因。然而，開始喜歡上天音的雄二，終於逼問她“是什麼原因讓你這麼做的”。面對雄二的質問，天音流著淚娓娓道來，說出她跟雄二的姐姐“一姬”的死有關的過去──“瀧園學園小巴士翻覆事故”那不愉快的回憶。

第11話 Angelic Howl Ⅱ

勉強在巴士翻覆意外中倖存的瀧園學園籃球社社員，被留在沒人救得了、宛如世界最底層的地方。在這死亡如影隨形的絕望情況下，天音邂逅了一個自稱“風見一姬”的少女。該少女憑著天才般的判斷力，與近乎冷酷的冷靜態度，引導、救助社員們的樣子，讓只能呆立在一旁的天音留下了強烈的印象。冷靜到底的一姬與優柔寡斷又羞怯的天音。截然不同的兩個人，共度讓人沮喪萬分的每一天，在過程中逐漸建立起深刻友情，將他們緊緊繫住。

第12話 Angelic Howl Ⅲ

彷彿墜落到地獄底層的這群少女，幾天後隨著手邊的食物逐漸消耗，連相信自己會獲救的意志力也快要消磨殆盡，開始緩慢而確實地崩潰了。因為在意外中受傷而染病的人、飢餓難耐不斷受折磨的人，就在大家因為令人沮喪的世界而漸漸失常的時候……天音和一姬努力互相鼓勵，勉強得以保持理智。每天都只是苟延殘喘地活著。就在令人絕望的每一天中，終於有人掉隊時，天音將目睹“這世上的地獄”

第13話 射界10公分

有雄二的鼓勵，更讓天音下定決心要面對自己的過去。然而，天音的話裡有一點讓雄二很懷疑——那就是“究竟一姬是否真的死了”。雄二為了弄清楚這個疑問，便在天音的帶領下前往事故現場。但是，即使他們知道那些社員的下場，關於最重要的一姬的結局終究還是不知道。但即便無法得知真相，天音也因為終於能面對事實，而鬆了一大口氣。就在這時候，這起可怕的事故埋下的禍端，又將帶給她新的災難，悄悄地慢慢接近。

SP1 由美子編「ご奉仕しちゃうぴょん♡」

SP2 みちる編「ツンデレ流 海の楽しみ方」

SP3 幸編「お背中、お流しします」

SP4 蒔菜編「蒔菜's Boot Camp」

SP5 天音編「夏の誘惑」

SP6 一姫編「お醫者さんごっこしましょうか？」