《灰色：幻影扳機》

由“國家組織CIRS”新設的特殊技能訓練校“美濱學園”……

因各種原因失去歸所的少女們被交付的是，槍與實彈。

使用手槍的玲奈、擅長狙擊的桐花、炸彈與資訊處理的克莉絲、負責諜報活動的忍者邑沙季。

她們每天都以SORD成員的身份，處理警察及自衛隊無法解決的事件，不斷進行著危險的活動。

K縣U港——。

準備入國的重要人士突然消失了。

SORD成員開始調查失蹤事件，但每當即將捕獲消失的“行李”時，就會在還差一點的時候被其逃脫。

與姊妹校“京船櫻丘”的SORD成員雙子姐妹並肩作戰，以及爭執。

以及——在夜晚的城鎮中疾奔的神秘女騎手“Soul Speed”·真紀的傳聞——。

追蹤最終轉變成壯烈的死戰，將身心一併撕裂。

……但這同時還是，通往玲奈她們相遇之前的過去的旅程。