繼53年之後的《初音島II》的故事順利落下了帷幕之後，如今時間軸再一次回到了最初代的時間之前。
芳乃櫻是一位元氣活潑的小學三年級女生，每天和好友朝倉純一與白河小鳥一起到風見學園上學，不過在她的身上卻有著大家不為人知的秘密……
芳乃さくらは、明るく元気な小学3年生。親友のことりや幼馴染の純一と一緒に風見学園に通う、ごく普通の女の子。でも、そんな彼女にはみんなには言えない秘密があって…？
芳乃さくらは、明るく元気な小学３年生。親友のことりや幼馴染の純一と一緒に風見学園へ通う、ごく普通の女の子。でも、ただひとつ違っていたのは......さくらは時を越え、歴史を乱す悪を討つ。TP（タイムパラディン）だったのです！
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