《初音島II 第二季》

故事在第一季天枷美夏離開後展開。

製作班底和聲優和前一季相同，以朝倉音姬線，朝倉由夢線以及D. C.篇（芳乃櫻篇）的混合路線結尾。

故事舞臺仍然是在那個櫻花飛舞的月牙形狀的小島——初音島，季節為冬季，而故事的時間則是推移到了前作D. C.的53年之後，主角們也都變成了前代主角的子孫們。

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第1話深雪の如く

寒冷的12月訪問了初音島的早上，義之卻沒從沉睡中醒來，耳邊聽到了音姬和由夢細語著的聲音。義之呆呆地睜開眼睛發現2人正在義之床上。還聽說總是3人一起睡覺的，但義之卻不記得。面對義之的不知情，由夢和音姬要“懲罰”義之，將可愛的嘴唇靠過來……。然而，實際義之的臉觸控到的是櫻放在臉上的罐裝咖啡。因為燙，他立即醒過來，明白了剛才的景象是夢。義之本來與音姬和由夢是青梅竹馬一樣的關係，那種甜蜜的事是不可能有的。櫻離開了，義之也準備出門上學。現實和夢想是不同的，平時的音姬和由夢來接義之了。然後像往常一樣，3人從櫻花道走著去風見學園。隨後，義之所在的3年3班，召開了班級會議商議本月舉辦的聖誕派對。這個話題從11月開始，到現在還沒決定，所以班長麻耶隱藏不住焦灼和焦躁。就在這時，杏提出了人偶劇，杉並也提出了鬼屋的提案。多數表決的結果，終於木偶劇決定了，不過，已經劇本完成。杏的許可權，主人公義之，女人偶劇主人公就是小戀。而且主題是戀愛。這對彼此的心曾經擦肩而過的義之和小戀來說是很尷尬的。但是，現在他們是保持著關係很好的朋友關係，只是轉換心情努力練習而已。另外，涉和茜等人各自也為人偶劇的準備發揮著作用。在櫻花花瓣飛舞中，義之等人都很平靜的生活在學園裡。那個時候，他們還沒有注意到初音島正在帶來變化……。
第2話雪の密室

各個班級都在積極準備著聖誕派對，義之等人也在著手製作木偶劇使用的道具。另一方面，杏還在為是否修改劇本的結尾而傷腦筋，只是因為簡單的結局太俗套。義之對這時的杏建議“就按照杏喜歡的那樣寫”。那句話鼓勵了杏，新的劇本寫完了。然而，因為劇本的煩惱和持續的通宵導致睡眠不足，終於她發高燒病倒了。義之將倒下的杏帶到保健室照顧，隨後，保健教師水越建議讓杏在家裡養病，並且讓義之負責照顧。水越的車到達的雪村家後，雪村家居然是日式的豪宅。悠久程度和大小讓義之吃驚。但其內部相反，進去之後不知為什麼感覺不到人的存在。義之聽說了杏小時候是被父母拋棄的，雪村奶奶將杏作為養女收養。但是奶奶也杏風見學園的入學前去世了，然後她一直一個人生活。義之是第一個知道她過去的人，杏和義之的過去一樣沒有父母。但是，義之現在有朝倉家的姐妹和櫻。而且對於杏，真的是生活在孤獨的空間裡。她不想這一事實讓好友的小戀和茜產生多餘的擔心。但是義之想要把杏從孤獨感中解放，並且和小戀等人訴說了杏的過去。義之能夠鼓勵到她嗎？
第3話正義の魔法使い

有一天午休，義之受到音姬的邀請在學生會工作室用餐。到現在為止，音姬每晚都在他家進行木偶劇的練習，今天也顯出了練習的幹勁。但是義之對在家裡和在學校都要不斷的練習感到不高興。於是音姬提議改在自己的房間裡練習一下。這是義之久違地來到朝倉家裡拜訪的機會，於是義之答應下來。那天夜晚，義之來到了朝倉家，最初還有點不習慣，不過也逐漸想起了以前的感覺。朝倉家是義之曾經住過的地方。如今回來的義之，重新以“我回來了”打招呼。義之和音姬、由夢以及祖父純一4人一起圍著吃火鍋，邊說邊笑。之後，義之來到了音姬的房間與她一起練習木偶劇。就在義之休息的時候，發現音姬在收拾房間時找出的以前的相簿。然而，義之注意到在那裡關於年幼時候的音姬和現在不同，笑容太少了。第二天，義之夢到了過去的事情。為什麼年幼的音姬總是露出寂寞的表情。擔心她的義之來找她玩，但音姬以冰冷的語言拒絕了邀請。為了讓那樣的她面帶笑容，義之要以什麼為契機……？
第4話幸せの形

終於到了聖誕節，在由夢和義之一起去學校的途中，因為義之除了木偶劇還有空餘的時間，所以邀請由夢一起逛。由夢悄悄地和他去希望，還假裝實在沒辦法的樣子。到達學校後，班裡的木偶劇排練結束後的義之出來找由夢，並與她一起享受這聖誕派對。由夢挽著義之得手臂行走，兩人幸福得樣子像戀人一樣。那樣的快樂是短暫得，義之回到班上正式表演木偶劇。但是，在現場的空氣中漂浮著異常的緊張和沉重氣氛。帶著感冒還在參加練習的小戀終於病倒了。現在尋找代替人員，但臺詞太多，記起來還是太勉強了。杏和麻耶也打算放棄了，這時義之起想出了拯救的解決方案。與自己已經練習了很多次的音姬，女主角的臺詞都記得，可以代替。正好音姬此時想要到義之班上看人偶劇，突然受到了委託，雖然很認真決定想要做一個打動人心的演出。但她在其他人面前表演這種事還是會害羞，與平時的身姿相差甚遠。義之鼓勵著這樣的音姬。之後，木偶劇開幕了。那麼義之和音姬的演出能成功嗎？
第5話失望の雪原

3天的聖誕派對結束了，義之等人離開初音島到滑雪場滑雪。同行的人有義之，音姬，由夢，小戀，杏，茜，奈奈佳，涉，杉並。不久到達滑雪場的他們看到了初音島上看不到的積雪，並且發出了歡喜的聲音。義之打算立刻滑雪，但沒有發現由夢參與，義之詢問了音姬，音姬告訴他由夢因長途的旅行太累了，所以休息去了。因此，除由夢之外都在滑雪。比較有經驗的義之和音姬首先以華麗的姿態滑著，讓初學者的雪月花3人以及奈奈佳羨慕讚美。然後涉跌了一跤，杉並在他旁邊卻滑得很好。幾人都滑好了後，一邊吃飯一邊聊著滑雪中開心的事情。但是，還沒去滑雪的由夢沒有參與聊天。於是，義之邀請由夢去化夜場，但不知為何被拒絕。洗澡之後，大家聚到男生的房間裡。義之從音姬那裡聽說了由夢因洗澡水太熱，所以頭有點暈。可義之看到了由夢穿著滑雪服到外面去了。於是義之也跟了出來，並在她面前露面。義之覺得由夢是想出來涼快一下，所以義之再次邀請一起滑雪。但是，那個由夢仍然拒絕，一個人開始滑。然而由夢自己多次避開義之的理由是什麼呢？義之追著那樣一邊思考一邊滑的她。就在這個時候，他看到由夢遭遇了危險！
第6話桜迷宮

初音島總是發生原因不明的火災和事故等。義之和音姬也覺得那些事情很奇怪，所以就開始了調查，並利用寒假在圖書館進行詳細調查。但有一件事可以肯定，每次事件都沒有人出事。雖說如此，但並沒有辦法說明這只是偶然。義之越來越在意事件的關聯性，並且與擅長調查不可思議的現象的杉併合作，杉並將自己引以為傲的資訊網·非官方新聞部的資料借給了義之。這裡面收錄了初音島過去半個世紀以來許多事件的絕密資料。但那些事件，都被歸結為不可思議的傳言，它們都集中在50年前，因此覺得不可思議的義之和音姬詢問了純一。在二人面前，純一一邊回憶過去一邊聊了起來。說起的事其中有擅長唱歌能聽懂人心的少女（D.C.中的白河小鳥），以及變成很會做料理的少女的貓（D.C.中的鷺澤賴子），據說初音島永不凋零的櫻花樹聽取了她們的願望，但音姬認為這只是玩笑。但是又聽說有人在櫻花樹下祈求戀愛的願望。但也可能是透過自己的努力實現的，並不能說明是傳言是真的。不過，為了慎重起見，義之與音姬再次開始了不枯萎的櫻花樹的調查，不久某個人說出的事實衝擊了義之……
第7話変えられない夢

除夕夜，芳乃家舉行了忘年會。義之，音姬，由夢和櫻四人圍在餐桌前吃飯。話題也展開來，可喝了甜米酒的音姬和由夢醉了，並且糾纏著義之。音姬以不流暢的腔調對義之說話，還有由夢對義之開始抱怨。平時總是表現得認真的姿態的兩人對義之發牢騷。就這樣，芳乃家的大騷動持續到了深夜。元旦伊始。義之和姐妹二人一起去神社參拜。於是義之和音姬求了籤，由夢求到了什麼呢。她做了抽到“大凶”的籤的預知夢。但不知道情況的義之代替由夢抽了籤，結果果然是“大凶”。但為了改變壞運氣，第二天，由夢請求出門的義之能夠在晚上6點回來。1月2日對由夢來說是重要的日子，所以無論如何都要和義之一起度過。但義之並不知道她的想法，但她堅定自己的想法，並且和義之約定要按時回家。此後，義之和音姬一起繼續調查了原因不明的事件，隨後從音姬那裡知道的今天是由夢的生日。於是義之為了在六點趕回去見由夢，返回途中，去了商場給她買生日禮物。找到了滿意的禮物，義之也就放心了。然而緊接之後，他被捲入了予想不到的事……
第8話さくらんぼとお兄ちゃん

音姬在不明原因事故的調查中，聽說了“在現場一定可以看到一名金髮少女”。一次，音姬前往了事故發生後不久的現場，在那裡看到了櫻。不久，在不枯萎的櫻花樹下，音姬等到了櫻本人，真相沖擊到了追問的音姬。不枯萎的櫻花樹可以實現人們的願望的傳言是真的。但是，這樣的櫻花樹還是有缺陷，因為只要擁有純粹的願望，所以不僅好的願望，壞的願望也會被吸收，櫻自己具備排除這些壞到願望的控制能力。但是，現在櫻的力量已經感到了無法控制了。受其影響，初音島發生了許多事故，所以櫻為了防止事故發生，到預計發生事故的地方。但是，她不可能一個人同時出現在很多現場，這已經是接近極限了。櫻已經完全沒有辦法了。令人驚訝的是，義之是櫻向櫻花樹許願而產生的存在，如果樹枯萎的話，他也會消失……。聽到這個事實，音姬感到了驚訝和悲傷。但櫻有著“絕密的方法”讓音姬還抱著希望。那麼櫻說的方法是什麼呢……？
第9話壊れゆく春

就在櫻下定決心對音姬道別的第二天，義之和由夢覺得她突然不見了這件事很困惑，但音姬對什麼都聽不進去。櫻為了阻止不枯萎的櫻花樹的異常現象，進入到了櫻花樹的內部充當過濾器，這件事自然不能讓義之和由夢知道，音姬在他們顯現出笑容。那天上學路上，音姬的表情一下子陰沉起來，儘管櫻抱著消失的覺悟，但還是有新的事故發生。不好的夢還沒有結束，察覺到情況的音姬，想要代替櫻改變現狀，在學校午休時來到不枯萎的櫻花下。但是她能做的事情是隻有讓櫻花樹枯萎而已。如果樹枯萎了，義之也會消失。相比於初音島的人們來說，選擇讓義之消失是最壞的辦法，音姬被絕望感所折磨。這樣的情況下，義之擔心著音姬。但是音姬什麼都不能告訴義之，只能逃跑。儘管如此義之還是等待著音姬，音姬終於忍不住放聲說讓義之不要再來折磨她，但那並不是真心話。音姬被情感壓力所逼迫著，也不知道該怎麼辦。純一察覺到了她那樣的心情，同時安慰她，並告訴她……。
第10話夢の終わり

早上，音姬擔心著睡著了的義之，義之聽到她在家門口告別的聲音，慌忙一躍而起了到了外邊，結果已經晚了，音姬的身影已經不見了。在上學的時候她的同學以為她生病缺席了。義之坐立不安，直接不說理由地早退去尋找音姬。但是在街上向人們詢問也沒得到線索。於是沒辦法只能回到朝倉家，家裡由夢等待著，在家裡接待著焦急的義之，之前小戀等人也來拜訪過。但是義之歇一會兒了，睡意襲來，他就這樣陷入深深的睡眠。義之睡著了，在夢中和櫻相遇，櫻把所有的真相都告訴了義之，包括不枯萎的櫻花樹能夠讓夢想成真的事，那是櫻在美國研究櫻花樹的樣品。然後，她向自己研究的櫻花樹許願了……。但為了防止事故的發生，必須讓櫻花樹凋零，櫻對自己的願望讓大家不幸這件事充滿了悔恨和淚水，義之微笑著對她說，他慶幸能夠和重要的人在一起度過，感謝自己的存在，對櫻叫了一聲“媽媽”來表示感謝的心情。之後，從夢中醒來的義之，決定去拯救一個人一直煩惱的音姬。義之確定了音姬就在那不枯萎的櫻花樹下，並趕到了那裡，音姬在那裡哭腫了眼睛，義之傳達到了為了島上的人們獻身的覺悟。聽到他決定的音姬選擇的道路是……。
第11話枯色の島

在煩惱和痛苦中掙扎了許久，音姬終於使櫻花枯萎了，同時櫻花的花瓣四散。義之本應該也會消失……。實際上，第二天他的身體依然存在。但是仍然不能認為就這樣不會消失。就在近期，初音島所有的櫻花都開始凋零，可能會凋落到自己的最後一天。這雖說已經有了覺悟，但寂寞愈演愈烈。在義之休息得時間裡各種各樣的想法繞在心頭。義之在走廊上碰到音姬，然而不知道怎樣用語言表達，但義之至少還在用笑容向她寒暄，但是音姬好像什麼也沒有看見是的從他身旁走過。音姬的心靈在被犧牲義之的罪惡感和後悔所支配。但是，和音姬一起在學生會的同伴真由紀的話衝擊到了她，真由紀看到了義之也不知道他是誰了。義之的存在將從人們的記憶消失。音姬被那個嚴重的事實打擊到了。於是音姬在學園圖書館裡尋找解決的辦法。這時，為做讀書報告而來到圖書室的由夢來到了音姬的身邊，她察覺到了和義之分別的日子將要到來，並且告誡姐姐對義之這樣一定會後悔。但是，音姬沒有理會後悔的事，無論如何都要找到挽救義之的方法。音姬和由夢就這樣在各自的道路中度日。然而，這期間義之相繼面臨著痛苦的事實。麻耶，奈奈佳，然後連杏和茜也把他忘了……。
第12話記憶の淵

日復一日，義之的存在感更加稀薄起來。不說記憶，連他本身人們的眼睛都看不到。小戀、涉就這樣遺忘了義之，義之隱藏住了沮喪的臉色，但是，由夢還是那樣鼓勵著他，義之不可替代的回憶，並且邀請義之約會。之後，他們去了海岸，神社、公園等各種各樣的地方。與其說約會，不如說更接近散步，因為也不是去熱鬧的地方，光是走路閒逛。但是，對由夢來說，能和義之一起度過快樂的時光的話，任何地方都沒關係。他們去過很多地方遊玩之後，由夢把義之帶到了風見學園的屋頂上。於是由夢把自己的預知夢告訴了義之，其中包括義之會消失的預知夢。在滑雪旅行的時候也是，在自己的生日的時候也是，夢裡的事情全部都應驗了。所以，義之消失的命運也不會改變。這麼想著的她現在開始不遺悔恨地把自己“喜歡哥哥”的心情傳達給義之。此時，一直被壓抑的感情立刻洋溢位來，不久眼淚沿著臉頰流下。撲到最愛的哥哥的懷裡盡情的流淚，以後由夢的身體終於決定離開並且道別。最後她的臉上沒有笑容，還讓義之去找姐姐音姬，姐姐一定有話要傳達給義之，不然一定會後悔的。因為由夢的提醒，義之跑了起來。不久，他已經在枯萎的櫻花樹下看了音姬的身影。但是，在那裡義之終於迎來最後一刻……。
第13話巡りくる季節

不枯萎的櫻花樹凋零了兩個月後。初音島的季節也從冬天變到了春天，音姬和由夢是本校和附屬中學的最高年級生。在新學期開始的清晨，音姬怎麼也催不起來由夢。一起出門後，看到了櫻花行道樹上的櫻花再次綻開了。兩人走在路上，並沒有提及義之消失的話題，彷彿終於將他忘記了一樣。但是在心中音姬和由夢確實的把他記住了，而且今後也不忘記。音姬在筆記本上寫滿了義之的名字，由夢也一個人再一次將和他約會路線走了一遍。越是想著義之的事就越傷心，但完全忘記了就更可悲。即使每天都以淚洗面，也不會忘記和最愛的人一起度過的日子。兩個人都有著那樣強烈的想法。不久，曾經不枯萎的櫻花樹也有了新花蕾，並且萌芽了。同時，在櫻花樹內部的櫻的意識也睜開了眼睛。她看著初音島的情況，發現這裡有著不同的情況。小戀，奈奈佳，涉總覺得在他們之中缺少了什麼。但只有朦朧的印象，對義之的事並不記得。櫻看著音姬和由夢仍然悲傷著，並且坐立不安，櫻花樹已經枯萎了，沒有了力量達成任何一個願望。但這樣強烈的純粹思念帶來了奇蹟，迴應那個願望，於是櫻花的花蕾綻放了……。