被巴古拉獸擊回到人類世界的工藤大器和高吼獸,經過東京大決戰留在人類世界一天後,相對地數碼世界已經過了好幾個月的時間,並落入了巴古拉軍支配下的地獄世界,分裂為七個國家(Land),由七名巴古拉軍手下的死亡指揮官所統治,而這七名死亡指揮官就是本篇章的主要敵人。
為了讓數碼世界再次得到和平,工藤大器和高吼獸決定再次回到危機四伏的數碼世界中。
此外,本篇章亦出現全新力量“超進化”。
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