某一年暑假, 啟人獨自上路往沖繩探望表哥蒲添海, 兩表兄弟碰巧遇見一位被數碼獸追趕的少女，在千鈞一髮之際，蒲添海與基爾獸拯救了這名少女——上原美波，上原有一部手提電腦，在電腦內有其父親發明的電子寵物軟體，兩表兄弟在這電腦內看見了一隻石獅獸，原來這隻數碼獸是上原父親發明來保護上原的。
地球上出現了一班邪惡數碼獸襲擊人類的電腦系統，令到整個地球陷入一片恐慌之中，啟人遇到了留姬和建良，他們又……
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